Краска для нанесения на гель с BrightGreenDNA

Смесь предназначена для лёгкого и удобного нанесения образца на гель и флюоресцентного окрашивания содержащейся в нём ДНК. Перед нанесением образца на гель необходимо добавить 1 мкл смеси к 5-8 мкл образца и хорошо смешать их. После этого образец готов к нанесению.
Содержащиеся в смеси видимые цветные красители аналогичны используемым в стандартной краске для нанесения на гель. Красители разделяются во время фореза и мигрируют с разной скоростью, в зависимости от типа геля и его концентрации красители приблизительно соответствуют фрагментам с молекулярной массой 40 п.н. и 300 п.н. Размеры ориентировочны, так как при изменении условий проведения фореза краситель меняет скорость миграции в геле по той же закономерности, как ДНК. Для точного определения размера фрагмента используйте специальные ДНК-маркеры.

Основной особенностью предлагаемой смеси является использование в ней флюоресцентного красителя для ДНК BrightGreenDNA.

Справочная информация:
BrightGreenDNA является интеркалирующим флюоресцентным красителем для двухцепочечной ДНК. Этот краситель функционально сходен с известным красителем SYBR Green I. Он обладает одним из самых высоких квантовых выходов (многократно превосходит популярный бромид этидия), обеспечивая тем самым высочайшую чувствительность при детекции. При этом несвязавшийся с ДНК краситель практически не флюоресцирует, что позволяет дополнительно повысить чувствительность за счёт почти нулевого фонового свечения. При этом также практически не окрашиваются одноцепочечные нуклеиновые кислоты (в частности РНК) и белки. Таким образом повышается специфичность обнаружения именно двухцепочечной ДНК. Подобные современные красители имеют меньшую токсичность по сравнению с бромидом этидия, что позволяет утилизировать их как обычные общелабораторные отходы.

Внимание: краситель BrightGreenDNA функционально несовместим с бромидом этидия. Наличие даже следовых количеств бромистого этидия полностью или частично гасит флюоресценцию BrightGreenDNA. Поэтому для проведения фореза с BrightGreenDNA нельзя использовать гели, прокрашенные бромидом этидия, и форезные буфера, в которых использовали гели, содержащие этидиум бромид.

Применение: добавить 1 мкл смеси к 5-8 мкл образца и тщательно смешать их. Наносить на гель, не содержащий других интеркалирующих красителей, использовать форезный буфер, в котором не работали с бромидом этидия и подобнвми красителями. Визуализировать с помощью обычного УФ трансиллюминатора, с помощью ручной подсветки длинноволновым ультрафиолетом (UVC, Blacklight, "чёрный свет"), с помощью специальных безопасных трансиллюминаторов с синим светом с λ=490 нм.

Сравнительная эффективность визуализации ДНК разных типов с использованием бромида этидия и BrightGreenDNA

Тотальная нуклеиновая кислота (из растения)

Маркер длин фрагментов  pUC19 ДНК/MspI

Обратите внимание на отсутствие фонового свечения после окраски BrightGreenDNA, а также на более высокую яркость свечения, позволяющую легче визуализировать короткие фрагменты, которые плохо видны на этидиевом геле. На геле с тотальной НК видно, что BrightGreenDNA окрашивает только ДНК. Таким образом наличие РНК в пробе не является помехой.

Меры предосторожности.
Хотя по имеющимся на настоящий момент сведениям токсичность красителя BrightGreenDNA существенно ниже, чем у бромида этидия и выраженного канцерогенного эффекта не обнаружено, следует помнить, что все интеркалирующие красители могут представлять опасность для живых клеток. Поэтому все манипуляции с окрашенными гелями следует проводить в перчатках и не допускать попадания смеси для нанесения на кожу. Дополнительным моментом, повышающим безопасность работника и уменьшающим экологический ущерб по сравнению с использованием этидиевых гелей, является существенно меньшее содержание красителя, т. к. он вносится непосредственно в пробу, а не в весь гель.