Синтез кДНК

Наборы для синтеза первой цепи кДНК предназначены для получения полноразмерной первой цепи кДНК из матрицы РНК. Размер синтезируемой кДНК за счет низкой РНКазной активности у обратной траскриптазы MMLV может достигать 9 т.п.о..

Минимальное время получения полноразмерной кДНК – 30 мин.

Стандартное время получения полноразмерной кДНК – 1 час 30 мин.

Для получения первой цепи кДНК могут быть использованы различные праймеры. Каждый тип праймеров имеет свои особенности, которые желательно учитывать при планировании синтеза кДНК.

Специфические праймеры

Избирательно отжигаются на строго определенной последовательности РНК. Этот тип праймеров часто применяют для диагностических целей.

Случайные гексонуклеотиды (random)

Неспецифически связываются на матрице РНК, нарабатывая небольшие (короткие) перекрывающиеся кДНК практически по всей матрице РНК. Эти праймеры идеально подходят для преодоления сложных участков с вторичной структурой матрицы. Ими можно эффективно транскрибировать 5’ район мРНК и изучать всю последовательность мРНК.

Олиго(дТ)15

Синтез первой цепи идет с 3’ конца поли(А)+ мРНК, часто прочитывается вся мРНК.

Удобен дляработы с 3’ районом или с мРНК, длина которых не превышает 5 т.п.о..

Первая синтезированная цепь может затем быть использована для дальнейшего исследования в ПЦР, секвенировании или для гибридизации в Нозер (Northern) блоте.

Подробнее про синтез кДНК читайте тут.